France - Notre carte de France pour suivre l'évolution du Covid-19 par département

Publié le 30 juillet 2020 dans le Huffington Post

CARTE - Pas de deuxième vague en France, mais si nous voulons l’éviter, il ne faut “pas lâcher” les efforts face au coronavirus. C’est ce qu’a déclaré ce mercredi 29 juillet le ministre de la Santé Olivier Véran, alors que le nombre de tests positifs réalisé est en augmentation sur une partie du territoire.

Le ministre a rappelé qu’un vaccin serait nécessaire pour endiguer le Covid-19, mais celui-ci a peu de chances d’être disponible avant l’automne au plus tôt (à condition qu’il fonctionne). Les autorités appellent donc à la responsabilité et à la prudence, notamment dans le cadre des vacances et regroupements familiaux, propices à la création de clusters.

Car en attendant un hypothétique vaccin, seules nos actions, collectives et individuelles, peuvent avoir un impact sur la propagation du coronavirus. Et pour l’instant, les indicateurs ne sont pas spécialement au vert. Le nombre de clusters ainsi que les cas de Covid-19 en général augmentent. Au global, et plus spécifiquement dans certaines régions voire départements, comme la Mayenne. Le risque d’une reprise, d’une explosion quasiment exponentielle du nombre de cas, est bien présent.

Pour y voir un peu plus clair sur la situation, Le HuffPost a mis au point une carte de France de la circulation du coronavirus, mise à jour automatiquement.

Nous avons choisi, dans un premier temps, de nous baser sur deux éléments principaux: le taux d’incidence (combien de cas pour 100.000 habitants) et le taux de positivité des tests. Chaque département est coloré en fonction de l’évolution de ces indicateurs. La première carte (bouton indice global) donne une vision générale de l’état de la situation. La seconde (bouton tendances) permet de voir l’évolution des indicateurs dans le temps.

Pour des raisons techniques, les territoires ultramarins ne sont pas visibles, mais sont accessibles dans le moteur de recherche en haut à gauche (retrouvez ci-dessous nos explications et notre méthodologie). Cette carte se met à jour automatiquement dès que Santé publique France actualise les données mises en ligne sur data.gouv.fr (de manière quasi quotidienne).

Découvrir la carte sur le site du Huffington Post

Pour suivre l’évolution de l’épidémie, le gouvernement et les autorités de santé se basent sur de très nombreux indicateurs, plus ou moins fiables. D’autres devraient se rajouter à cet arsenal sous peu, comme l’analyse des eaux usées.

Quatre indicateurs sont particulièrement suivis et disposent de seuils de “vigilance” et d’“alerte”. Quand un seuil est franchi, “une analyse de risque approfondie est lancée” dans la zone géographique concernée, précise le ministère de la Santé. Voici ces 4 indicateurs:

• Taux d’incidence, soit le nombre de tests PCR positifs pour 100.000 habitants par semaine. Le seuil de vigilance est à 10, le seuil d’alerte à 50.
• Taux de positivité des tests, le seuil de vigilance est à 5%, le seuil d’alerte à 10%.
• La part des lits de réanimation occupés dans les hôpitaux, le seuil de vigilance est à 40%, le seuil d’alerte à 60%
• Le R effectif, le taux de reproduction du virus. S’il est inférieur à 1, l’épidémie diminue, sinon, elle augmente plus ou moins vite. Le seuil de vigilance est à 1, le seuil d’alerte à 1,5.

Pour réaliser la carte ci-dessus, nous avons choisi de nous baser principalement sur le taux d’incidence et de positivité (lissés sur la moyenne des 7 derniers jours). Dans un contexte de risque de reprise épidémie, la part des lits de réanimation ne semble pas la plus adaptée. Théoriquement, les autres indicateurs doivent en effet monter bien avant.

Quant au R effectif, s’il peut être très utile, sa méthode de calcul n’est toujours pas publique. De plus, les données mises à disposition par le gouvernement et Santé publique France ne sont pas très claires. Les mises à jour sont partiales, non régulières et sont limitées aux régions (pas de différenciation par département). Nous avons indiqué le R effectif dans les informations détaillées de chaque département, mais avons décidé de ne pas colorer la carte en fonction de cet indice tant que ses mises à jour ne seront pas calibrées sur le même format que celle des deux autres indicateurs.

Deux indicateurs complémentaires

Les taux d’incidence et de positivités sont intéressants à lire ensemble. Le premier permet de savoir si, dans une zone avec une population donnée, il y a beaucoup de cas de coronavirus. Mais seul, il peut être trompeur. Car on sait que le virus circule à bas bruit. Et que parfois, quand les conditions sont réunies, des clusters importants peuvent apparaître.

C’est pour cela que ce taux d’incidence, cette présence du coronavirus, doit être comparé avec d’autres indicateurs. Le taux de positivité, notamment, est utile pour cela. S’il y a beaucoup de cas dans un territoire (taux d’incidence), mais que cela est uniquement dû à un dépistage très développé, le taux de positivité sera faible. À l’inverse, s’il augmente, cela veut dire que la plupart des gens testés sont positifs, mais surtout que les personnes contaminées qui ne sont pas testées, qui passent entre les mailles du filet, sont encore plus nombreuses.

S’ils ne sont pas parfaits, ces deux indicateurs cumulés offrent donc déjà une bonne idée de la situation dans un département donné.

Nous avons également mis au point une seconde carte, visible en cliquant sur le bouton “tendances”. Celle-ci permet non pas de visualiser les seuils de ces indicateurs, mais leur évolution dans le temps. Car ce qui est important, dans une épidémie, c’est la tendance de la courbe: si elle est à la hausse, le risque, c’est que celle-ci soit exponentielle, qu’elle monte de plus en plus vite. À l’inverse, si le taux d’incidence ou de positivité est haut, mais que les clusters sont bien contrôlés, ces indicateurs vont baisser.

Cette deuxième version de la carte vérifie donc l’évolution moyenne sur les 7 derniers jours de ces deux indicateurs pour avoir une idée des départements où l’épidémie semble progresser ou régresser.